A pesar de que el hospital de La Margarita está rebasado y se requiere del nuevo San Alejandro para aumentar la oferta medica del Instituto Mexicano del Seguro Social en Puebla, el gobierno federal de Andrés Manuel López Obrador decidió recortar en casi 75% el presupuesto para el complejo que se construye en la zona de Angelópolis.
La Secretaría de Hacienda y Crédito Público (SHCP) presupuestó que en 2019 se ejercerían 2 mil 238 millones de pesos para la construcción del Hospital San Alejandro, el cual se ejecuta en el edificio CIMA.
Sin embargo, en su informe trimestral sobre el avance de los proyectos de la federación, se reveló que se modificó el presupuesto aprobado este año para la obra y se dejó en 550 millones de pesos, es decir, recortaron en más de mil 500 millones de pesos el presupuesto.
Como si esto no fuera suficiente, el monto con el que se cuenta para este año avanza a paso de tortuga. De los 550 millones de pesos, el gobierno federal solo ejerció 108 mil 543 pesos en el primer trimestre del año.
De este modo, la SHCP precisó que de los 3 mil 112 millones que costará la construcción del Nuevo San Alejandro, solamente se lleva un avance de 1.6%, es decir, no se ha avanzado en una obra que se requiere con urgencia.

En 2017, debido al sismo que sacudió a Puebla, San Alejandro que se ubica en la zona del bulevar Norte quedó inservible debido a los grandes daños estructurales.
En junio de 2017, el gobierno de Enrique Peña Nieto emitió la licitación para construir el nosocomio. La empresa ganadora fue Sacyr. En agosto de 2018 arrancaron las obras.
A principio de este año, el gobierno de Andrés Manuel López Obrador decidió quitarle a esta empresa el proyecto.
Instituto Mexicano del Seguro Social (IMSS) informó que el Órgano Interno de Control (OIC) decidió suspender los trabajos del hospital debido a que la empresa Ingeniería y Control de Proyectos, interpuso una queja de inconformidad con fecha del 4 de julio de 2018.
Sin embargo, fue hasta el pasado 8 de febrero que el OIC con la Coordinación de Infraestructura Inmobiliaria del Seguro Social, recibió el oficio número 00641/30.15/848/2019 de fecha 30 de enero de 2019, que contiene la resolución a dicho procedimiento y que en términos de lo dispuesto declaró la nulidad del acta de resolutivo de la licitación pública internacional.
Por tal motivo, el IMSS declaró la nulidad del fallo y se determinó que el área convocante procederá a analizar la propuesta que hizo Ingeniería y Control de Proyectos.
El 22 de abril pasado, CENTRAL documentó que las obras del hospital llevaban dos meses paradas, debido a este proceso legal que se sigue.