Debido a la falta de confianza en el Tribunal Electoral del Estado de Puebla, alrededor de 67 planillas que buscaban presidir alguna presidencia de las juntas auxiliares de Puebla, optaron por presentar impugnaciones directamente ante el Tribunal Electoral del Poder Judicial de la Federación.
Resalta el caso de Atlixco con la mayor cantidad de impugnaciones de planillas ante la autoridad federal con un total de 27.
De estos juicios únicamente cuatro han sido declarados improcedentes, quedando pendientes de resolver al menos 63 más los que se acumulen en los próximos días. Esto a pesar de que el fin de semana ya rindieron protesta varios presidentes auxiliares.
Los cuatro casos desechados por las autoridades federales corresponden al expediente SDF-JDC-270-2014 promovido por quejosos de San Matías Cocoyotla, junta auxiliar de San Pedro Cholula; el expediente SDF-JDC-271-2014 de Nativitas Cuautempan, junta auxiliar de Coyotepec, el expediente SDF-JDC-272-2014 de Vicente Guerrero, junta auxiliar de Olintla y el expediente SDF-JDC-239-2014, de Villa Ávila Camacho, perteneciente a Xicotepec de Juárez.
De acuerdo con los abogados que llevan los casos de varios de los juicios de derechos ciudadanos, en caso de que se resuelvan a favor de los quejosos, los puestos de elección se revocarían y sería necesario la reposición de los plebiscitos.