La falta de operación de las plantas tratadoras de aguas residuales en Huauchinango y Juan Galindo, así como la deficiencia de los colectores marginales, que no han funcionado desde su construcción, han agravado durante 11 años los niveles de contaminación de la Presa de Necaxa, lo que provoca que en las aguas del vaso regulador aparezca una nata verde.
Además, como otro signo de la contaminación en la zona los vecinos reportan un aumento de malos olores, principalmente durante la época en que se registra un clima cálido.
A decir del Secretario de Fomento a la Salud y Previsión Social del Sindicato Mexicano de Electricistas, Miguel Márquez Ríos, la labor de saneamiento de la presa de Necaxa requiere de un trabajo conjunto entre los municipios de Huauchinango y Juan Galindo, los cuales descargan sus aguas residuales en la presa y la suma de la Generadora Fénix.
Márquez Ríos precisó que la labor de la generadora “Fénix” es aprovechar el agua para la generación de energía, pero hay disposición para colaborar en mejorar las condiciones de saneamiento, pero es muy importante que se revise y resuelva la operación de la planta de tratamiento de aguas residuales de Huauchinango y Juan Galindo, la cual debió ser automatizada, pero se decidió por construirla con sistema manual y tampoco ha entrado en operación.
Cabe recordar que, en dos ocasiones, la planta tratadora de aguas residuales de Huauchinango, fue clausurada por la Procuraduría Federal de Protección al Ambiente (PROFEPA), por no contar con los permisos.