Durante el último año de gobierno de Rafael Moreno Valle, la Auditoria Superior de la Federación (ASF) detectó un posible daño patrimonial por 226 millones 333 mil 900 pesos en cinco programas federales tales como: Fondo de Aportaciones para los Servicios de Salud (FASSA); Fondo de Aportaciones para el Fortalecimiento de las Entidades Federativas (FAFEF); Prospera y Seguro Popular.
La ASF detectó en el FAFEF el mayor daño patrimonial, pues el gobierno de Puebla no pudo comprobar el destino de 177 millones 251 mil 300 pesos, además se determinaron 5 observaciones, de las cuales dos fueron recomendaciones, dos Promociones de Responsabilidad Administrativa Sancionatoria y un Pliego de Observaciones.
Para el programa estrella del presidente Enrique Peña Nieto "Prospera" la ASF detecto en el expediente número 1302-DS-GF que el gobierno morenovallista no pudo aclarar 28 millones 102 mil 500 pesos.
Respecto al expediente 1313-DS-GF, correspondiente al Seguro Popular, el órgano fiscalizador halló que no se ejercieron 15 millones 454 mil 900 pesos, dinero que tenía como plazo aplicarlos hasta el pasado 30 de junio.
En el reporte entregado a la Cámara de Diputados, la auditoría 1311-DS-GF señaló un posible daño a la hacienda pública en el FASSA por 5 millones 525 mil 200 pesos, debido a que no se ejercieron en el área de eficiencia del uso de recursos,
El pasado 22 de abril, CENTRAL publicó que el exgobernador de Puebla, Rafael Moreno Valle no ha solventado 1 mil 275 millones de pesos correspondiente al periodo 2011 y 2015, incluso ante la Procuraduría General de la República (PGR) existe una denuncia por 646.4 millones de pesos de participaciones federales.
VER: Moreno Valle en la mira de la ASF: no ha solventado 1 mil 275 millones de pesos
Además en febrero, el órgano fiscalizador detectó irregularidades en la cuenta pública 2015 de Moreno Valle por 6 mil 652 millones de pesos, en las obras estrella del aspirante presidencial por el PAN en las obras como el Museo Internacional Barroco (MIB), el estadio Cuauhtémoc, el segundo piso de la autopista México-Puebla y el Proyecto Arqueológico de Cholula.
VER: ASF encuentra inconsistencias en obras estrella de Moreno Valle por 6 mil millones de pesos
También hubo irregularidades en la construcción de la segunda línea de la Red Urbana de Transporte Articulado (RUTA), por 87 millones 384 mil pesos, así como en la edificación del Hospital para el Niño Poblano.