El Comité Directivo Estatal del PRI en Puebla, a cargo de Jorge Estefan Chidiac presentó ante la Comisión Nacional de Justicia Partidaria una solicitud para expulsar a Fernando Morales de las filas del partido, esto por haber traicionado al tricolor para apoyar al PAN a su candidato a la gubernatura, Tony Gali Fayad.
A través de un comunicado de prensa, el PRI informó sobre el proceso y explicó que presentó pruebas de que Fernando Morales operó a favor del PAN en los procesos electorales 2015 y 2015.
En el documento se hacen valer los constantes actos de traición y deslealtad de Fernando Morales, así como su participación en diversos actos de campaña del PAN en los procesos electorales 2015 y 2016 en donde abiertamente ha expresado su apoyo a otros candidatos”.
En junio de 2015 fue revelada una grabación de la conversación entre Fernando Morales y el diputado del Verde, Juan Carlos Natale. En el audio se escucha a Morales operar a favor del PAN.
En este proceso electoral, Morales ha operado abiertamente para el candidato de la alianza Sigamos Adelante, Tony Gali, pues es uno de sus coordinadores en el distrito de Ciudad Serdán.
Luego de que el dirigente del PRI, Jorge Estefan Chidiac dijo que era un cero a la izquierda y le pidió que renunciara por dignidad; Fernando Morales lo retó a expulsarlo y amenazó con que si lo sacan del partido, "hablaría de muchas cosas" acerca del tricolor.
Este es el comunicado del CDE del PRI: